Méthodologie de la recherche – Outils et workflow – Zotero et Obsidian

cette note n’est pas finie et demande à être complétée. pour les parties manquantes, vous pouvez me contacter ou regarder les tutoriels sur internet :).

Si comme moi pendant longtemps, vous vous sentez parfois dépassé par la quantité d’articles ou de livres à lire pour préparer un cours, un chapitre de thèse ou un article, parce que vous ne savez pas exactement comment organiser vos notes, parce que vous ne retrouvez plus les notes que vous avez prises sur tel ou tel article. Parce que vous avez différents dossiers sur votre Drive et différents fichiers qui s’accumulent, et vous perdez un temps considérable à retrouver un paragraphe ou une citation, alors j’ai une solution qui peut tout changer !

Sans prétendre être un expert et conscient que chaque personne a ses propres besoins et ses préférences en terme de méthodes de recherche et d’écriture d’articles ou de thèse, je partage ici un processus de travail que j’ai découvert récemment et qui a considérablement changé mon rapport au travail intellectuel, à la prise de note, à l’écriture.

Je n’ai rien inventé, j’ai passé beaucoup d’heures à regarder comment d’autres personnes organisent leur travail et les outils qu’elles utilisent, notamment grâce à la chaîne Linking Your Thinking.

Il ne s’agit pas de proposer un tutoriel de prise en main des différents logiciels utilisés, mais de montrer le processus de travail général. Pour ça, je vais comparer deux situations avec et sans cette organisation, en pointant les avantages et les arguments pour changer et améliorer n’importe quel processus d’apprentissage, de lecture ou d’écriture.

Sans ça, pendant longtemps, j’avais un dossier avec mes articles à lire, un autre avec plein de fichiers textes que j’essayais de nommer de manière logique et ordonnée, par thème, par chapitre, etc. Je lisais un pdf, je surlignais quelques mots-clés, je retenais l’idée générale de l’article et je notais la référence pour plus tard, en note de bas de page dans un projet d’article ou une bibliographie thématique. Parfois je faisais une note de lecture. Cependant je faisais rapidement face à ce sentiment de dépassement. Comment classer et organiser ces notes ? Je n’allais pas faire un fichier texte pour chaque lecture, cela supposait soit de recopier chaque citation, soit de faire une synthèse, mais cela prend du temps et avoir des fichiers avec seulement un ou deux paragraphes paraît inadapté.

En général, pour l’écriture des notes d’observation, des concepts, des théories, des hypothèses, etc. je créais des fichiers par thème, par question. Là, il y a encore ce même dilemme : soit on essaie de bien rédiger les notes et de les mettre en page, ce qui les rend lisible mais demande du temps de l’énergie et dirige déjà le fond et la forme du propos, soit on ne fait que cumuler des notes, des idées, avec le risque de ne pas les retrouver si celles-ci sont noyées dans une masse d’idées inorganisées.

La réponse à cela, offerte par des logiciels comme Obsidian permet d’adopter un point de vue radicalement différent sur la prise de notes. Le principe est d’écrire des notes dites “atomiques” qui ne rendent compte que d’une idée, d’un principe, d’un concept, d’une référence. La différence repose alors sur une classification, une organisation de ces notes qui n’est pas hiérarchique (des fichiers dans des sous-dossiers dans des dossiers), même si cela est toujours possible, mais surtout organique grâce à l’utilisation de liens dynamiques et de mots-clés.

Certains appellent cela un second cerveau. Imaginez que tout ce que vous lisez et écrivez soit centralisé au même endroit et que vous puissiez naviguer dans ces souvenirs, ces traces, ces notes de manière fluide, directe et “naturelle”. J’aime prendre l’exemple de wikipedia. Vous cherchez une information qui est organisée sur une page, et sur cette page différents mots-clés renvoient eux-mêmes à d’autres pages, et ainsi de suite. C’est exactement cette même logique que permet ce genre de logiciel. La prise en main est simplifiée au maximum pour atteindre l’efficacité, la vitesse dans le travail intellectuel. D’autres fonctionnalités, comme la visulation graphique, permettent également d’appréhender de manière complètement inédite l’organisation des pensées, favorisant la sérendipité, la mise en lien thématique, sémantique ou autre.

Imaginez maintenant que cette technologie de prise de notes soit directement reliée à votre base de données bibliographique, de sorte que vous puissiez, en un seul clic, retrouver n’importe quelle citation dans le texte, sur le fichier original ? Cela est possible grâce aux développeurs qui ont permis ce passage entre Zotero et Obsidian.

Enfin, avec ResearchRabbit, vous pouvez également en quelques clics, importer toute une bibliographie en fonction de vos thèmes de prédilection ou vos auteur.es préférés. Et tout cela est gratuit.

Etape 1 : trouver des références à lire grâce à ResearchRabbit

https://researchrabbitapp.com/

C’est gratuit pour peu que vous ayez une adresse d’université, je ne sais pas sinon à quel point c’est compliqué d’y accéder.
Cette plate-forme permet de trouver des références mais PAS les fichiers sources. En général, il donne le lien vers une page officielle, quand l’accès est libre c’est simple sinon, il est possible d’utiliser Sci-Hub pour obtenir une version non légale.

Vous pouvez :

  • faire des collections et les synchroniser avec Zotero
    • Comment synchroniser un dossier ? à venir
  • partager les collections avec d’autres comptes.
  • trouver des références à partir de références déjà trouvées, de mots-clés ou en lien avec toute une collection

Etape 2 : télécharger les références avec Sci-Hub

le lien du site Sci Hub

Ce site permet d’accéder à un fichier pdf d’un article, à partir du code DOI.

Qu’est-ce qu’un code DOI ? C’est la référence digitale d’un article. En général, cette référence est renseignée sur les pages officielles où sont hébergées les articles.

Sur le site de Sci-Hub, il suffit de rentrer le code DOI et si l’article est dans la base de données, vous y aurez accès et vous pourrez le télécharger.
Ce qu’il faut faire à partir de là, c’est ajouter le fichier à la base de données via Zotero.
Pour cela, c’est assez simple, si vous utilisez un navigateur comme Chrome, vous n’avez qu’à cliquer sur l’icône du fichier téléchargé et à le faire glisser dans Zotero pour l’ajouter à la référence qui a été créée automatiquement si vous avez bien synchronisé les dossiers.

 

Etape 3 : Annoter et lire un document PDF

Pour cette partie, c’est selon les habitudes de chacun.e mais il faut garder en tête que l’étape suivante va être d’exporter les annotations et commentaires vers Zotero puis Obsidian, en quelques clics.
Idéalement, je conseille de toujours surligner une phrase entière, voire un paragraphe, le but est que celle-ci soit compréhensible une fois lue en dehors de son contexte. Je conseille également de laisser un commentaire qui reformule l’idée générale, qui ajoute des mots-clés voire des liens vers d’autres notes Obsidian ou même d’écrire un commentaire plus développé, directement dans le fichier pdf.

Ensuite, grâce aux pluggins de Zotero et d’Obsidian, il sera possible d’exporter toutes les parties annotées (surlignées, soulignées) et les commentaires. Cela implique donc l’usage d’un logiciel qui reconnaisse de manière claire et distincte le texte (ce n’est pas toujours le cas). Ne pas oublier d’enregistrer les annotations et commentaires quand vous fermez le fichier (on peut oublier).

Etape 4 : Importer les annotations dans Obsidian

Pour cela, il faut s’assurer d’avoir installé plusieurs pluggins.

Les pluggins BetterBibTex (à télécharger ici) et Zotfile (à télécharger ici) sont à télécharger et à faire glisser dans zotero dans la partie add-ons. explication plus détaillée si nécessaire à venir

Ensuite, une fois ces outils installés, clic gauche sur le fichier que vous avez lu et annoté dans Zotero, puis dans l’onglet Manage Attachments vous trouverez l’option “Extract Annotations”

Cela va générer un fichier de notes qui viendra se placer au dessus du pdf, sous la référence générale de Zotero.
Vous pouvez ensuite décider de convertir et exporter ce fichier au format Markdown directement dans le dossier de base de votre coffre Obsidian, ou alors simplement faire un copier-coller des commmentaires et annotations vers la note de votre choix. Cela peut être une note créée automatiquement par le plugin “Citations” d’Obsidian.

Etape 5 : le plugin Citation.

à venir


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